A região de mangue de Cananéia (Lat. 25º01',0S - Long. 47º55',5W) é drenada por pequenos "rios" ("marigots") e contém, principalmente, águas provenientes das oscilações das marés. Na área de junção, as águas do mangue são de côr acastanhada; suas propriedades são características devido à influência geoquímica na área de junção. A comprovação da influência das águas dos "marigots" sobre as da lagoa depende da observação acerca da variação das propriedades das águas com a oscilação da maré; a essa observação associa-se aquela referente ao processo hidrográfico de vazão dos "marigots" em relação com a flutuação da maré na lagoa. Durante a enchente, a água oceânica penetra na entrada do "marigot", pelo fundo, e desloca as águas superficiais deste, misturando-se com elas verticalmente. Durante o processo, forma-se uma camada quimicamente descontínua sobre a camada intermediária (0,5 a 1,0 m de altura), com gradual mistura vertical de duas massas características de águas. Sobre a camada superior descontínua surge uma zona de alta concentração de amônia, provavelmente devido à grande quantidade de matéria orgânica nitrogenada, que se acumula na camada descontínua e sofre ativa decomposição bacteriana. Na enchente, a água salgada aparece na superfície uma hora antes das águas altas bloquearem por duas horas a boca dos "marigots". Na vazante, as águas bloqueadas do "marigot" começam a fluir, recobrando as características perdidas, isto é, alto estado de redução, pH baixo, e densa suspensão de matéria orgânica. Forte radiação solar, durante o verão, aumenta a temperatura do "marigot", acelerando a decomposição bacteriana da matéria orgânica; amônia é produzida e parte dela é liberada para o ar devido à alta temperatura e ao alto estado de redução, tanto da água como do sedimento do "marigot"; parte da amônia é oxidada pelo oxigênio dissolvido, transformando-se em nitrito e nitrato. O aumento constante do fitoplâncton provoca ativo consumo de compostos oxidados de nitrogênio e dos fosfatos. O conteúdo de nitrato, 3-8 µg-atoms-N/l, é mais alto do que nas águas externas da lagoa, como foi observado em fevereiro. É grande a influência dos "marigots" no ciclo bioquímico dos nutrientes na região lagunar em estudo.
