A Serra do Japi e adjacências resultam de processos tectónicos, metamórficos e magmáticos polifásicos atribuídos aos Ciclos Transamazônico e Brasiliano. Inicialmente deu-se na área a sedimentação do Grupo Amparo, com uma seqüência predominantemente pelítica (Formação Ermida) e outra psamo-pelítica (Formação Japi). Essas seqüências foram deformadas durante o metamorfismo regional, fácies anfibolito, e penecontemporaneamente sofreram migmatização, dobramento e provavelmente intrusão de granitos sintectônicos. O conjunto resultante foi redobrado posteriormente, advindo então a maioria das dobras observadas no terreno. Esses processo? são atribuídos ao Ciclo Transamazônico. No fim do Ciclo Brasiliano, a área sujeitou-se a intrusões graníticas com características de corpos pós-tectônicos. Falhas transcorrentes que se desenvolveram após esse magmatismo e juntas que cortam todas as litologias e estruturas pré-existentes representam as últimas feições geradas nesse ciclo.
