Sistemas estuarinos estão sujeitos à influência simultânea de processos fisicos que controlam tanto sua dinâmica de estratificação quanto de mistura. Este balanço energético determina seu comportamento hidrodinâmico e a dinâmica das propriedades da água. O presente artigo apresenta uma análise quantitativa e comparativa das forças de manutenção da estratificação (aquecimento superficial; precipitação pluviométrica e advecção diferencial do gradiente longitudinal da densidade devida ao campo vertical da velocidade), e daquelas responsáveis pela mistura vertical (turbulência de fimdo devido às marés; turbulência de superficie devida à ação dos ventos e evaporação superficial) no baixo estuário do Rio Jaboatão (JE), Pemambuco, NE-Brasil. A quantidade de energia disponível para misturar a coluna d'água foi 2,2 e 2 vezes maior que aquela disponível para manter a estratificação durante as estações seca e chuvosa, respectivamente. O atrito turbulento de fimdo pelas marés foi a principal fonte de energia do sistema para a mistura da coluna d'água. Uma análise teórica revelou que a escala de tempo para o decaimento turbulento nas duas estações sazonais foi superior (seca=29 min; chuvosa=25min) que a escala de tempo para estratificação (seca=8min; chuvosa=7 min) e que a escala de tempo dos estofos de maré (15 min). Assim, o estuário apresentou-se verticalmente bem misturado mesmo durante os estofos de preamar e baixa-mar tanto na estação seca quanto chuvosa. Os resultados teóricos foram confirmados pelos dados de campo e estão em concordância com aqueles obtidos em estudos prévios de simulação numériCa.