Shotgun metagenomic sequencing of the first case of monkeypox virus in Brazil, 2022

Authors

  • Ingra Morales Claro Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil Imperial College London, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, United Kingdom http://orcid.org/0000-0001-8637-2910
  • Camila Malta Romano Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil http://orcid.org/0000-0003-4550-1987
  • Darlan da Silva Candido Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil Imperial College London, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, United Kingdom University of Oxford, Department of Zoology, Oxford, United Kingdom
  • Evelyn Lepka de Lima Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • José Angelo Lauletta Lindoso Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, São Paulo, São Paulo, Brazil http://orcid.org/0000-0002-4405-4401
  • Mariana Severo Ramundo Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Filipe Romero Rebello Moreira Imperial College London, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, United Kingdom Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
  • Luiz Alberto Costa Barra Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Luciana Marques Sansão Borges Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Lucas Alberto Medeiros Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Marcia Y. S. Tomishige Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Tomas Moutinho Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias, São Paulo, São Paulo, Brazil http://orcid.org/0000-0002-0375-1366
  • Anderson José Dias da Silva Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Camila Cristina Martini Rodrigues Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Luiz Cesar Fernandes de Azevedo Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Lucy Santos Villas-Boas Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Camila Alves Maia da Silva Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil http://orcid.org/0000-0002-4298-6782
  • Thaís Moura Coletti Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Erika R. Manuli Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil http://orcid.org/0000-0003-2376-8488
  • Aine O’Toole University of Edinburgh, Institute of Ecology and Evolution, Edinburgh, United Kingdom
  • Joshua Quick University of Birmingham, School of Biosciences, Birmingham, United Kingdom
  • Nicholas Loman University of Birmingham, School of Biosciences, Birmingham, United Kingdom
  • Andrew Rambaut University of Edinburgh, Institute of Ecology and Evolution, Edinburgh, United Kingdom
  • Nuno R. Faria Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil Imperial College London, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, London, United Kingdom University of Oxford, Department of Zoology, Oxford, United Kingdom
  • Claudia Figueiredo-Mello Instituto de Infectologia Emílio Ribas, São Paulo, São Paulo, Brazil
  • Ester Cerdeira Sabino Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina, Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil http://orcid.org/0000-0003-2623-5126

DOI:

https://doi.org/10.1590/S1678-9946202264048%20

Keywords:

Viral metagenomics, Monkeypox virus, West African clade, Genomic surveillance, Brazil

Abstract

Monkeypox virus (MPXV), a zoonotic virus endemic to the African continent, has been reported in 33 non-endemic countries since May 2022. We report an almost complete genome of the first confirmed case of MPXV in Brazil. Shotgun metagenomic sequencing was completed in 18 hours, from DNA extraction to consensus sequence generation.

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Published

2022-06-27

Issue

Vol. 64 (2022)

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Original Article

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Copyright (c) 2022 Ingra Morales Claro, Camila Malta Romano, Darlan da Silva Candido, Evelyn Lepka de Lima, José Angelo Lauletta Lindoso, Mariana Severo Ramundo, Filipe Romero Rebello Moreira, Luiz Alberto Costa Barra, Luciana Marques Sansão Borges, Lucas Alberto Medeiros, Marcia Y. S. Tomishige, Tomas Moutinho, Anderson José Dias da Silva, Camila Cristina Martini Rodrigues, Luiz Cesar Fernandes de Azevedo, Lucy Santos Villas-Boas, Camila Alves Maia da Silva, Thaís Moura Coletti, Erika R. Manuli, Aine O’Toole, Joshua Quick, Nicholas Loman, Andrew Rambaut, Nuno R. Faria, Claudia Figueiredo-Mello, Ester Cerdeira Sabino

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How to Cite

Claro, I. M., Romano, C. M. ., Candido, D. da S. ., Lima, E. L. de ., Lindoso, J. A. L. ., Ramundo, M. S. ., Moreira, F. R. R. ., Barra, L. A. C. ., Borges, L. M. S. ., Medeiros, L. A. ., Tomishige, M. Y. S. ., Moutinho, T. ., Silva, A. J. D. da ., Rodrigues, C. C. M. ., Azevedo, L. C. F. de ., Villas-Boas, L. S. ., Silva, C. A. M. da, Coletti, T. M., Manuli, E. R. ., … Sabino, E. C. . (2022). Shotgun metagenomic sequencing of the first case of monkeypox virus in Brazil, 2022. Revista Do Instituto De Medicina Tropical De São Paulo, 64, e48. https://doi.org/10.1590/S1678-9946202264048