A primeira publicação do Instituto Oceanográfico, em 1950, o Boletim do Instituto Paulista de Oceanografia, já se destacava como difusor das pesquisas originais do campo da Oceanografia. Publicado de 1950 a 1951, a partir de 1952 denominou-se Boletim do Instituto Oceanográfico ocasião de sua incorporação à Universidade de São Paulo.

Tornou-se Revista Brasileira de Oceanografia, de 1996 a 2003, e passou em 2004 a ser Brazilian Journal of Oceanography. visando ampliar a divulgação da Oceanografia brasileira em âmbito mundial.